Gene es un emoji que vive en Textopolis, una ciudad digital dentro del teléfono de su usuario Alex. Él es el hijo de dos emojis de apellido Meh llamado Mel y Mary, y es capaz de hacer múltiples expresiones a pesar de la educación de sus padres. Sus padres dudan de que vaya a trabajar, pero Gene insiste para que se sienta útil. Al recibir un texto de su "crush" a Addie, Alex decide enviarle un emoji. Cuando Gene es seleccionado, él entra en pánico, hace una expresión confusa, y arruina el centro del texto. Gene es llamado por Smiler (Sonrisa), un emoji sonriente y líder del centro de texto, que concluye que Gene es un "malfuncionamiento" y por lo tanto debe ser eliminado. Gene es perseguido por los bots, pero es rescatado por Hi-5, una mano emoji que fue una vez popular que ha perdido su fama debido a la falta de uso. Le dice a Gene que se puede arreglar si encuentran un hacker, y Hi-5 lo acompaña para que pueda recuperar su fama.

Smiler envía más bots para buscar a Gene cuando se entera de que él ha dejado Textopolis, ya que sus acciones han causado que Alex piense que su teléfono necesita ser arreglado. Gene y Hi-5 vienen a una aplicación de piratería donde se encuentran con el hacker emoji Jailbreak (Lady Hacker), que quiere llegar a Dropbox para que pueda vivir en la nube. El trío es atacado por los robots de Smiler (Sonrisa), pero consigue escapar en el juego Candy Crush. Jailbreak revela que Gene se puede arreglar en la nube, y el grupo se va a la aplicación Just Dance Now. Mientras que allí, Jailbreak se revela para ser un emoji de la princesa, nombrado Linda, que huyó de la casa también después de estar cansada de ser una estereotipada. Una vez más, son atacados por bots, y sus acciones hacen que Alex elimine la aplicación Just Dance. Gene y Jailbreak escapan, pero Hi-5 se toma junto con la aplicación y termina en la basura.

Mel y Mary van en busca de Gene y tienen un argumento muy letárgico. Se inventan en la aplicación de Instagram cuando Mel revela que él también es un mal funcionamiento, explicando el comportamiento de Gene. Mientras viaja a través de Spotify, Jailbreak admite que le gusta Gene tal como es, y que no debería avergonzarse de su mal funcionamiento. Lo hacen y se dirigen a la basura para rescatar Hi-5, pero pronto son atacados por un bot actualizado. Ellos para evadirlo y entrar a Dropbox, donde se encuentran con un Firewall que para pasar se necesita decir la contraseña secreta. La pandilla lo supera con una contraseña que es el nombre de Addie y logran pasar hacia la nube, donde Jailbreak se prepara para reprogramar a Gene. Gene admite sus sentimientos por Jailbreak, pero desea seguir con su plan de aventurarse en la nube, involuntariamente haciendo que Gene vuelva a su apática programación de angustia. El bot mejorado toma Gene, y Hi-5 y Jailbreak corren tras ellos.

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